Conception et réalisation d’un outil décisionnel pour l’analyse de données en masse en chimie des substances naturelles
04/11/2024 à 14h00
M.Mohamed Yassine MEJRI présente ses travaux en soutenance le 04/11/2024 à 14h00
À l'adresse suivante : Université Paris Dauphine - PSL Place du Maréchal de Lattre de Tassigny 75775 PARIS Cedex 16 Salle : des thèses - D520
En vue de l'obtention du diplôme : Doctorat en Informatique
La soutenance est publique
Titre des travaux
Conception et réalisation d’un outil décisionnel pour l’analyse de données en masse en chimie des substances naturelles
École doctorale
École doctorale Dauphine SDOSE
Équipe de recherche
UMR 7243 - Laboratoire d’Analyse et de Modélisation de Systèmes d’Aide à la Décision
Section CNU
27 - Informatique
Directeur(s)
Mme Meltem OZTURK
Membres du jury
| Nom | Qualité | Établissement | Rôle |
|---|---|---|---|
| Mme Meltem OZTURK | Professeur des universités | UNIVERSITE PARIS DAUPHINE - PSL | Directrice de thèse |
| M. Olivier CAILLOUX | Maître de conférences | UNIVERSITE PARIS DAUPHINE - PSL | Co-encadrant de thèse |
| M. Ahmed Mehdi BENIDDIR | Professeur | Université Paris-Saclay · BIOCIS | Co-encadrant de thèse |
| M. Marc PIRLOT | Professeur émérite | UNIVERSITY OF MONS, BELGIUM | Rapporteur |
| M. sebastien DESTERCKE | Directeur de recherche | UNIVERSITÉ DE TECHNOLOGIE DE COMPIÈGNE | Rapporteur |
| M. Pierre-Marie ALLARD | Professeur | DEPARTMENT OF BIOLOGY, UNIVERSITY OF FRIBOURG | Examinateur |
| Mme Aurelie BEYNIER | Maître de conférences | SORBONNE UNIVERSITE - LIP6 | Examinatrice |
Résumé
Dans ce travail, nous présentons MS2Decide, un outil innovant conçu pour agréger les données provenant de trois outils d'annotation de spectrométrie de masse largement utilisés, tout en intégrant l'expertise d'un chimiste grâce à une formule additive linéaire par morceaux. Les paramètres de cette formule ont été déterminés à l'aide de techniques d'élucidation des préférences. MS2Decide classe les molécules candidates par ordre de priorité, avec pour objectif d'identifier des composés nouveaux en évaluant plusieurs scores d'annotation et en vérifiant la cohérence des structures obtenues. Grâce à la formulation mathématique de MS2Decide, l'outil est capable de capturer les connaissances d'experts généralement nécessaires pour interpréter des résultats complexes d'annotations en métabolomique basée sur la spectrométrie de masse. Nous démontrons sa polyvalence à travers deux études de cas. Dans la première, MS2Decide a réussi à donner une priorité élevée à des molécules non rapportées, insérées manuellement dans une bibliothèque de produits naturels contenant 90 composés connus. Dans la seconde, MS2Decide a été appliqué à des données réelles issues de la chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse (LC-MS/MS) d'un extrait de plante, où il a identifié des composés prometteurs, dont un dont la structure a été confirmée comme étant nouvelle.