Quelle place pour la science dans la réglementation des pesticides ?

Les pesticides sont au centre du débat public depuis de nombreuses années. Côté pile, ils sont au cœur des récurrentes crises agricoles : la surrèglementation, qui emprisonnerait les agriculteurs en leur interdisant le recours à certains produits, est sans cesse agitée comme le chiffon rouge par une partie de la classe politique et certains syndicats agricoles telle la FNSEA. Côté face, les pesticides sont montrés du doigt du fait de leur omniprésence dans l’environnement, particulièrement dans les eaux, en raison d’un usage intensif en matière agricole. Or cette omniprésence n’a pu être enrayée par les différents plans écophyto, alors même que les études scientifiques établissent les nombreux risques d’une telle exposition, tant pour les écosystèmes par l’effondrement de la biodiversité auquel elle participe, que pour la santé humaine.

Comment comprendre alors que la science ne soit pas parvenue à imposer une certaine sobriété dans le recours aux pesticides, dont les impacts négatifs sont aujourd’hui beaucoup mieux appréhendés ? La question est d’autant plus majeure à l’heure où le ministère de l’agriculture entend présenter un projet de loi agricole d’urgence dont l’un des enjeux serait de faciliter le recours à certains pesticides controversés.

Mise sur le marché des pesticides : quelles études sont prises en considération ?

L’usage des pesticides est actuellement encadré par un règlement européen de 2009 qui vient conditionner les autorisations de mise sur le marché (AMM) à l’absence de risques pour la santé humaine et l’environnement. Rappelons tout d’abord que cette réglementation est placée sous l’égide du principe de précaution selon lequel en cas de risque incertain d’atteintes graves à l’environnement, il y a lieu de prendre des mesures provisoires et proportionnées afin de prévenir la réalisation d’un tel risque.

Le règlement prévoit ensuite que le pesticide dont l’AMM est demandée ne doit pas présenter de risques d’effet nocif sur la santé humaine et de risques inacceptables pour l’environnement¹. Il appartient à l’exploitant qui sollicite l’AMM de rapporter cette absence de risques par des études scientifiques qui seront examinées par les agences d’expertise réglementaires européennes. C’est en particulier l’EFSA (Agence européenne de sécurité des aliments) qui doit délivrer un avis sur la base des études menées par les industriels à l’origine de la demande, ainsi que l’ECHA (Agence européenne des produits chimiques).

“La grande majorité des publications issues de laboratoires universitaires indépendants est exclue.”

Or c’est ici que se niche le nœud gordien du sujet : dans le choix des études scientifiques qui seront prises en considération par les agences d’expertise. D’après les recommandations de l’EFSA, les études réglementaires doivent être menées selon les lignes directrices de l’OCDE et dans le respect des bonnes pratiques de laboratoire (Good Laboratory Practices), ce qui conduit à exclure la grande majorité des publications issues de laboratoires universitaires indépendants. En effet, comme cela a été maintes fois expliqué², les lignes directrices de l’OCDE reposent sur de fortes exigences nécessaires pour caractériser les dangers des substances, en particulier en matière de reproductibilité des études. Ces contraintes induisent une faible mise en évidence des dangers. Inversement, les études académiques cherchent à comprendre les processus biologiques et physicochimiques, et reposent sur des modèles expérimentaux complexes qui ne sont pas pris en considération par les lignes directrices. Dès lors, ces différences d’objectifs expliquent qu’elles parviennent à des résultats très différents, et que les études réglementaires ne permettent pas de prendre en compte l’évolution rapide des connaissance scientifiques.

Ainsi, lors de la contestable réautorisation du glyphosate octroyée par la Commission européenne pour une durée de 10 ans en novembre 2023, l’ONG Générations futures a démontré que seules 0,4 % des études universitaires disponibles sur le sujet ont été considérées comme fiables sans restriction, et donc prises en considération par l’EFSA³. Nous ne reviendrons pas ici sur le fait que cette préférence pour les études menées par les industriels au détriment des études académiques n’est pas le fruit du hasard mais plutôt le fructueux résultat d’une capture réglementaire organisée avec un remarquable savoir-faire par les acteurs économiques⁴. Fort heureusement, la Cour de justice de l’Union européenne a élaboré tout un corpus jurisprudentiel pour contrebalancer une telle situation et venir replacer la science au centre des débats.

La Jurisprudence européenne replace la science au cœur de la décision publique

C’est à travers un fameux arrêt Blaise⁵ du 1er octobre 2019 que la Cour de justice de l’Union européenne (CJUE) est venue construire un véritable guide de mise en œuvre du principe de précaution à destination des autorités devant délivrer les autorisations. Elle précise ainsi que l’appréciation des risques doit porter non seulement sur les effets propres des substances actives contenues dans le produit mais aussi sur les effets cumulés de ces substances avec d’autres composants dudit produit. Il faut savoir en effet que la substance active d’un pesticide est toujours mélangée avec d’autres composants qui tendent à en accroitre l’effet. Or, ces autres composants n’étaient jusqu’alors pas pris en considération dans l’octroi de l’autorisation.

La décision de la CJUE ajoute qu’ « il incombe aux autorités compétentes de tenir compte des données scientifiques disponibles les plus fiables et des résultats les plus récents de la recherche internationale, et de ne pas donner un poids prépondérant aux études fournies par le demandeur », sous-entendu au détriment de la recherche académique.

Poursuivant sa démarche, la Cour a confirmé dans un arrêt du 6 mai 2021 qu’il est possible de réexaminer une AMM de substances actives d’ores et déjà délivrée sur le fondement du principe de précaution, dès lors que de nouvelles connaissances scientifiques viendraient remettre en question l’absence de risque pour la santé humaine ou animale, ou pour l’environnement. Ce réexamen est permis sans qu’une évaluation exhaustive des nouveaux risques identifiés ne soit exigée en raison du contexte d’incertitude scientifique⁶.

“Les études scientifiques doivent intégrer les données les plus fiables.”

Enfin, par deux arrêts remarquables rendus le 25 avril 2024, la CJUE parachève le mouvement entrepris. Elle apprécie d’une part que l'autorité compétente d'un État membre chargée d'évaluer une demande d'AMM d'un produit doit prendre en compte les effets indésirables de perturbation du système endocrinien d'une substance active contenue dans ledit produit. Elle affirme d’autre part qu'il peut être invoqué devant les autorités ou les juridictions de l'État qui prend une décision d'AMM sur son territoire « les données scientifiques ou techniques disponibles les plus fiables » en vue d'établir que l'évaluation scientifique des risques réalisée par l'État membre examinant la demande initiale est insuffisamment motivée.

Ainsi, la CJUE replace la science au cœur de la décision publique en exigeant que les études scientifiques au soutien de l’autorisation intègrent les données scientifiques les plus fiables, qu’elles prennent en considération non seulement les effets de la substance mais ceux de tous ses co-formulants, et qu’elles analysent un large éventail de risques tels les effets de perturbation endocrinienne.

Les vifs débats à l’échelle française

La jurisprudence de la CJUE a inspiré les juridictions françaises à travers la fameuse affaire Justice pour le Vivant par laquelle des ONG ont mis en cause devant les juridictions administratives la responsabilité de l’État français dans la délivrance inconsidérée des AMM. La cour administrative d’appel de Paris a ainsi jugé le 3 septembre 2025 que l’État français avait commis des carences dans son évaluation des risques des pesticides qui avaient conduit à la délivrance à tort d’AMM non assorties des prescriptions ou restrictions d’usages nécessaires, en particulier sur les espèces non ciblées. Elle en a conclu que cette faute a conduit à l’aggravation du préjudice écologique consistant en la contamination généralisée, diffuse, chronique et durable des eaux et des sols par les substances actives des pesticides, et en la diminution de la biodiversité et de la biomasse exposées à ces substances.

La cour a donc condamné l’État, à travers son agence d’expertise (l’ANSES), à mettre en œuvre une nouvelle évaluation des risques respectueuse du dernier état des connaissances scientifiques pour toutes les AMM qui auraient été délivrées sans que soient respectées de telles exigences. Elle a enfermé cette exigence dans un délai assez bref de 24 mois, ce qui semble très difficilement réalisable.

Cependant, la portée de cette décision semble ignorée par certains politiques. Dans le cadre de la loi Duplomb 1, la disposition relative à la ré-autorisation d’un pesticide néonicotinoïde dénommé acétamipride avait été censurée par le Conseil constitutionnel le 7 août 2025. Selon les sages du Conseil constitutionnel, les dérogations instaurées par la loi à l’interdiction de l’usage des néonicotinoïdes prononcée par une loi de 2016 n’étaient pas suffisamment encadrées pour garantir le droit de vivre dans un environnement équilibré et respectueux de la santé garanti par la Charte de l’environnement. Cette censure n’a pas dissuadé le sénateur Duplomb de revenir à la charge avec une nouvelle proposition de loi déposée le 30 janvier 2026 qui vise à permettre une réutilisation encadrée de certains néonicotinoïdes.

Comme souvent, ce sont les enjeux de compétitivité et de surtransposition des directives européennes qui sont invoqués pour justifier un impérieux besoin de relâcher le cadre. Cette proposition sera sans nul doute invoquée lors des débats qui se tiendront prochainement à l’Assemblée nationale au sujet de la pétition contre la loi Duplomb 1, qui a recueilli plus de 2 millions de voix. Formons le vœu que les députés s’inspirent des juges en faisant un large accueil aux études scientifiques qui dénoncent les effets très nocifs de ces substances sur l’environnement et la santé humaine. À l’heure où la question devient de plus en plus idéologique, rien n’est moins sûr…